FHIR IG Statistics: StructureDefinition/Specimen

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{
  "resourceType": "StructureDefinition",
  "id": "Specimen",
  "url": "https://demis.rki.de/fhir/StructureDefinition/Specimen",
  "version": "2.0.0",
  "name": "Specimen",
  "title": "Probe",
  "status": "active",
  "date": "2025-02-20",
  "publisher": "Robert Koch-Institut",
  "contact": [
    {
      "telecom": [
        {
          "system": "email",
          "value": "demis-support@rki.de"
        }
      ]
    }
  ],
  "description": "Die Probe enthält Angaben zum Eingangszeitpunkt der Probe sowie zum Probenmaterial. Darüber hinaus wird auf den Einsender der Probe verwiesen.",
  "jurisdiction": [
    {
      "coding": [
        {
          "system": "urn:iso:std:iso:3166",
          "version": "ALPHA-2",
          "code": "DE"
        }
      ]
    }
  ],
  "copyright": "Copyright (C) 2021-2025 Robert Koch-Institut",
  "fhirVersion": "4.0.1",
  "kind": "resource",
  "abstract": true,
  "type": "Specimen",
  "baseDefinition": "http://hl7.org/fhir/StructureDefinition/Specimen",
  "derivation": "constraint",
  "differential": {
    "element": [
      {
        "id": "Specimen.accessionIdentifier",
        "path": "Specimen.accessionIdentifier",
        "short": "Probennummer",
        "definition": "Probennummer die vom Datensender zur Kommunikation genutzt wird.",
        "mustSupport": true
      },
      {
        "id": "Specimen.accessionIdentifier.use",
        "path": "Specimen.accessionIdentifier.use",
        "max": "0"
      },
      {
        "id": "Specimen.accessionIdentifier.type",
        "path": "Specimen.accessionIdentifier.type",
        "max": "0"
      },
      {
        "id": "Specimen.accessionIdentifier.system",
        "path": "Specimen.accessionIdentifier.system",
        "min": 1,
        "max": "1",
        "mustSupport": true
      },
      {
        "id": "Specimen.accessionIdentifier.value",
        "path": "Specimen.accessionIdentifier.value",
        "min": 1,
        "max": "1",
        "mustSupport": true
      },
      {
        "id": "Specimen.accessionIdentifier.period",
        "path": "Specimen.accessionIdentifier.period",
        "max": "0"
      },
      {
        "id": "Specimen.accessionIdentifier.assigner",
        "path": "Specimen.accessionIdentifier.assigner",
        "max": "0"
      },
      {
        "id": "Specimen.status",
        "path": "Specimen.status",
        "mustSupport": true
      },
      {
        "id": "Specimen.type",
        "path": "Specimen.type",
        "short": "Art des Probenmaterials",
        "definition": "Die Angabe des Probenmaterials ist für die Bewertung der Meldepflicht relevant. Für einige Erreger ist die Art des untersuchten Probenmaterials ausschlaggebend, ob eine Meldepflicht vorliegt. Für die automatisierte Weiterverarbeitung der Inhalte im Gesundheitsamt ist die Angabe des Materials sehr wichtig. Insbesondere für unspezifische LOINC Codes, wie sie für die Meldung von mikrobiologischen Ergebnissen benötigt werden ist die Angabe des Materials als SNOMED-CT Code notwendig um einen vollständigen Meldungsinhalt zu übermitteln. Die Angabe des Materials als SNOMED -CT Code wird jetzt verpflichtend eingeführt. Die Auswahl des verwendeten SNOMED-CT Codes muss dabei aus dem erregerspezifischen MaterialSet (https://demis.rki.de/fhir/ValueSet/material) im coding Element dargestellt werden.",
        "comment": "Die Angabe des Materials unter Verwendung von Type.text ist in folgenden zwei Ausnahmefällen zulässig: \r\n- Das Material ist in dem ValueSet https://demis.rki.de/fhir/ValueSet/material nicht enthalten. Bitte geben Sie Feedback an DEMIS (demis-support@rki.de), damit das ValueSet ergänzt werden kann.\n- Das Primärsystem kann die internen Codes zur Zeit noch nicht korrekt auf die SNOMED-Codes des ValueSets https://demis.rki.de/fhir/ValueSet/material mappen.",
        "min": 1,
        "max": "1",
        "mustSupport": true
      },
      {
        "id": "Specimen.type.coding",
        "path": "Specimen.type.coding",
        "min": 1,
        "max": "1",
        "mustSupport": true,
        "binding": {
          "strength": "required",
          "valueSet": "https://demis.rki.de/fhir/ValueSet/material"
        }
      },
      {
        "id": "Specimen.type.coding.system",
        "path": "Specimen.type.coding.system",
        "min": 1,
        "patternUri": "http://snomed.info/sct",
        "mustSupport": true
      },
      {
        "id": "Specimen.type.coding.version",
        "path": "Specimen.type.coding.version",
        "min": 1,
        "max": "1",
        "mustSupport": true
      },
      {
        "id": "Specimen.type.coding.code",
        "path": "Specimen.type.coding.code",
        "min": 1,
        "mustSupport": true
      },
      {
        "id": "Specimen.type.text",
        "path": "Specimen.type.text",
        "mustSupport": true
      },
      {
        "id": "Specimen.subject",
        "path": "Specimen.subject",
        "short": "Verweis auf die in der Meldung benannte betroffene Person.",
        "definition": "Verweis auf die in der Meldung benannte betroffene Person. Hierbei handelt es sich grundsätzlich um den Verweis auf die in der Erregernachweismeldung als „subject“ referenzierte Patient Ressource.",
        "min": 1,
        "type": [
          {
            "code": "Reference",
            "targetProfile": [
              "https://demis.rki.de/fhir/StructureDefinition/NotifiedPerson",
              "https://demis.rki.de/fhir/StructureDefinition/NotifiedPersonAnonymous"
            ],
            "aggregation": [
              "bundled"
            ]
          }
        ],
        "mustSupport": true
      },
      {
        "id": "Specimen.subject.reference",
        "path": "Specimen.subject.reference",
        "min": 1,
        "mustSupport": true
      },
      {
        "id": "Specimen.receivedTime",
        "path": "Specimen.receivedTime",
        "short": "Zeitpunkt des Probeneingangs im Labor",
        "definition": "Zeitpunkt des Probeneingangs im Labor",
        "min": 1,
        "mustSupport": true
      },
      {
        "id": "Specimen.collection",
        "path": "Specimen.collection",
        "min": 1,
        "mustSupport": true
      },
      {
        "id": "Specimen.collection.collector",
        "path": "Specimen.collection.collector",
        "short": "Verweis auf die Einsender-Rolle",
        "definition": "Verweis auf die Einsender-Rolle. Über die Einsender-Rolle kann eine Person oder eine Organisation als Einsender referenziert werden.",
        "type": [
          {
            "code": "Reference",
            "targetProfile": [
              "https://demis.rki.de/fhir/StructureDefinition/SubmittingRole"
            ],
            "aggregation": [
              "bundled"
            ]
          }
        ],
        "mustSupport": true
      },
      {
        "id": "Specimen.collection.collector.reference",
        "path": "Specimen.collection.collector.reference",
        "min": 1,
        "mustSupport": true
      },
      {
        "id": "Specimen.collection.collected[x]",
        "path": "Specimen.collection.collected[x]",
        "slicing": {
          "discriminator": [
            {
              "type": "type",
              "path": "$this"
            }
          ],
          "rules": "closed"
        },
        "short": "Probenentnahmezeitpunkt",
        "definition": "Probenentnahmezeitpunkt",
        "mustSupport": true
      },
      {
        "id": "Specimen.collection.collected[x]:collectedDateTime",
        "path": "Specimen.collection.collected[x]",
        "sliceName": "collectedDateTime",
        "short": "Probenentnahmedatum",
        "definition": "Zeitpunkt der Entnahme der Probe. Dieses Datum ist das relevante Datum für evtl. Maßnahmenergreifung im Gesundheitsamt. Die Angabe des Probeneingangsdatums (Specimen.receivedTime) ist nur eine Alternative, wenn das Probenentnahmedatum nicht bekannt ist. Die Möglichkeit ein Zeitfenster für die Probenentnahme anzugeben (Specimen.collection.collected[x]:collectedPeriod) ist eigentlich nicht erwünscht. Die Option wurde aus Kompatibilitätsgründen mit anderen Anwendungen aufgenommen.",
        "type": [
          {
            "code": "dateTime"
          }
        ],
        "mustSupport": true
      },
      {
        "id": "Specimen.collection.collected[x]:collectedPeriod",
        "path": "Specimen.collection.collected[x]",
        "sliceName": "collectedPeriod",
        "type": [
          {
            "code": "Period"
          }
        ]
      },
      {
        "id": "Specimen.collection.bodySite",
        "path": "Specimen.collection.bodySite",
        "short": "Abnahmeort",
        "definition": "In Ergänzung zum Probenmaterial in Specimen.type kann die Probe hinsichtlich des Abnahmeortes weiter spezifiziert werden.",
        "mustSupport": true
      },
      {
        "id": "Specimen.collection.bodySite.coding",
        "path": "Specimen.collection.bodySite.coding",
        "min": 1,
        "max": "1",
        "mustSupport": true
      },
      {
        "id": "Specimen.collection.bodySite.coding.system",
        "path": "Specimen.collection.bodySite.coding.system",
        "min": 1,
        "fixedUri": "http://snomed.info/sct",
        "mustSupport": true
      },
      {
        "id": "Specimen.collection.bodySite.coding.version",
        "path": "Specimen.collection.bodySite.coding.version",
        "min": 1,
        "mustSupport": true
      },
      {
        "id": "Specimen.collection.bodySite.coding.code",
        "path": "Specimen.collection.bodySite.coding.code",
        "min": 1,
        "mustSupport": true
      },
      {
        "id": "Specimen.collection.bodySite.text",
        "path": "Specimen.collection.bodySite.text",
        "short": "Originalbezeichnung",
        "definition": "Originalbezeichnung aus dem Laborinformationssystem (LIS) oder aus dem sendenden System.",
        "mustSupport": true
      },
      {
        "id": "Specimen.processing",
        "path": "Specimen.processing",
        "mustSupport": true
      },
      {
        "id": "Specimen.processing.extension",
        "path": "Specimen.processing.extension",
        "slicing": {
          "discriminator": [
            {
              "type": "value",
              "path": "url"
            }
          ],
          "rules": "open"
        },
        "min": 0
      },
      {
        "id": "Specimen.processing.extension:transactionID",
        "path": "Specimen.processing.extension",
        "sliceName": "transactionID",
        "short": "TypisierungsID/IGS-ID: Verweis auf das Analyseergebnis der Integrierten Genomischen Surveillance (IGS)",
        "definition": "Die TypisierungsID/IGS-ID wird vom DEMIS Backend vergeben, wenn eine Sequenz im Rahmen der Integrierten Genomischen Surveillance (IGS) an das RKI hochgeladen wurde. Für den vollständigen Zyklus des Informationsflusses wird dies ID über die extension \"TransactionID\" an das Gesundheitsamt gemeldet. Im Abschnitt \"PathogenDetection/Erregernachweis\" wird das Ergebnis der Sequenzierung als nachgewiesene Species (SNOMED-CT cod) aus dem erregerspezifischen AnswerSet gemeldet.\r\n\r\nDie TypisierungsID/DEMIS_Sequence_ID hat folgendes Format:  IGS-12345-CVDP-UUID\r\n\r\n**IGS**: festes Prefix\r\n\r\n**12345**: 5-stelliger Identifier (DEMIS-ParticipantID) des sequenzierenden Labors (Untersuchungslabors), analog zum bereits existierenden DEMIS-System (DEMIS-10001 bis derzeit DEMIS-10563). Die Liste wird von der DEMIS-Geschäftsstelle gepflegt. Falls Sie noch nicht registriert sind, wenden Sie sich bitte an demis-support@rki.de.\r\n\r\n**CVDP**: 4-stelliges DEMIS-Kürzel, welches dem Meldetatbestand direkt zugeordnet wird.\r\n\r\n**UUID**: hexadezimal Zahl nach dem Muster 8-4-4-4-12 (z.B. be8131da-9024-41a4-a53c-3ce0d6f6fe37).\r\n\r\nBeispiel: IGS-10001-CVDP-be8131da-9024-41a4-a53c-3ce0d6f6fe37",
        "min": 0,
        "max": "1",
        "type": [
          {
            "code": "Extension",
            "profile": [
              "https://demis.rki.de/fhir/StructureDefinition/TransactionID"
            ]
          }
        ],
        "mustSupport": true
      },
      {
        "id": "Specimen.processing.extension:clusterID",
        "path": "Specimen.processing.extension",
        "sliceName": "clusterID",
        "short": "Identifier für zusammengehörige Genomsequenzdaten",
        "definition": "Wird eine Probe sequenziert, dann führt die Analyse der Genomsequenzdaten zur Gruppierung von ähnlichen Sequenzen. Diese Gruppen werden als Cluster bezeichnet und je nach Definition mit einem eindeutigen Identifier versehen, der ClusterID.",
        "type": [
          {
            "code": "Extension",
            "profile": [
              "https://demis.rki.de/fhir/StructureDefinition/ClusterID"
            ]
          }
        ],
        "mustSupport": true
      },
      {
        "id": "Specimen.container",
        "path": "Specimen.container",
        "max": "0"
      },
      {
        "id": "Specimen.condition",
        "path": "Specimen.condition",
        "max": "0"
      },
      {
        "id": "Specimen.note",
        "path": "Specimen.note",
        "short": "Kommentar z.B. für die Information, dass die Probe zu einem Ausbruch gehört",
        "definition": "Kommentar z.B. für die Information, dass die Probe zu einem Ausbruch gehört",
        "max": "1",
        "mustSupport": true
      },
      {
        "id": "Specimen.note.text",
        "path": "Specimen.note.text",
        "mustSupport": true
      }
    ]
  }
}