FHIR IG Statistics: StructureDefinition/PathogenDetectionCVDP

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{
  "resourceType": "StructureDefinition",
  "id": "PathogenDetectionCVDP",
  "url": "https://demis.rki.de/fhir/StructureDefinition/PathogenDetectionCVDP",
  "version": "2.0.0",
  "name": "PathogenDetectionCVDP",
  "title": "Erregernachweis für Severe-Acute-Respiratory-Syndrome-Coronavirus-2 (SARS-CoV-2)",
  "status": "active",
  "date": "2025-02-20",
  "publisher": "Robert Koch-Institut",
  "contact": [
    {
      "telecom": [
        {
          "system": "email",
          "value": "demis-support@rki.de"
        }
      ]
    }
  ],
  "description": "Der SARS-CoV-2-Erregernachweis spezifiziert den Erregernachweis hinsichtlich des Labortestes, der Nachweismethode und der Probe für SARS-CoV-2.",
  "jurisdiction": [
    {
      "coding": [
        {
          "system": "urn:iso:std:iso:3166",
          "version": "ALPHA-2",
          "code": "DE"
        }
      ]
    }
  ],
  "copyright": "Copyright (C) 2021-2025 Robert Koch-Institut",
  "fhirVersion": "4.0.1",
  "mapping": [
    {
      "identity": "sct-concept",
      "uri": "http://snomed.info/conceptdomain",
      "name": "SNOMED CT Concept Domain Binding"
    },
    {
      "identity": "sct-attr",
      "uri": "http://snomed.org/attributebinding",
      "name": "SNOMED CT Attribute Binding"
    }
  ],
  "kind": "resource",
  "abstract": false,
  "type": "Observation",
  "baseDefinition": "https://demis.rki.de/fhir/StructureDefinition/PathogenDetection",
  "derivation": "constraint",
  "differential": {
    "element": [
      {
        "id": "Observation.meta",
        "path": "Observation.meta",
        "min": 1,
        "mustSupport": true
      },
      {
        "id": "Observation.meta.profile",
        "path": "Observation.meta.profile",
        "min": 1,
        "max": "1",
        "patternCanonical": "https://demis.rki.de/fhir/StructureDefinition/PathogenDetectionCVDP",
        "mustSupport": true
      },
      {
        "id": "Observation.code",
        "path": "Observation.code",
        "definition": "Typ des durchgeführten Labortests. Der Wert muss als LOINC-Code - entsprechend des vom RKI definierten und in regelmäßigen Abständen aktualisierten ValueSets (https://demis.rki.de/fhir/ValueSet/laboratoryTest) – im coding Element dargestellt werden. Für eine begrenzte Übergangszeit ist die Verwendung des text Elementes in Ausnahmefällen zulässig. Folgende Ausbaustufen des Systems werden hier jedoch deutlich restriktiver sein, um einen automatisierte Weiterverarbeitung der Inhalte im Gesundheitsamt zu ermöglichen. \n \nUm SARS-CoV-2-Mutationen und -Varianten zu melden sind folgende LOINC Codes zu verwenden: \nFür den Nachweis einer Variante mittels Sequenzierung ist der LOINC code 96741-4 (https://loinc.org/96741-4/) zu verwenden. Die Variante soll als valueString in der PANGOLIN Notation angegeben werden. \nFür den Nachweis einzelner Mutationen im Spike protein (S Gen) ist der LOINC-Code 96751-3 (https://loinc.org/96751-3/) zu verwenden. Mutationen sollen in der Notation entsprechend der Empfehlungen der Human Genome Variation Society (HGVS) als valueString angegeben werden."
      },
      {
        "id": "Observation.code.coding",
        "path": "Observation.code.coding",
        "binding": {
          "strength": "required",
          "valueSet": "https://demis.rki.de/fhir/ValueSet/laboratoryTestCVDP"
        }
      },
      {
        "id": "Observation.value[x]:valueCodeableConcept",
        "path": "Observation.value[x]",
        "sliceName": "valueCodeableConcept"
      },
      {
        "id": "Observation.value[x]:valueCodeableConcept.coding:codeableConceptSNOMED",
        "path": "Observation.value[x].coding",
        "sliceName": "codeableConceptSNOMED",
        "binding": {
          "strength": "required",
          "valueSet": "https://demis.rki.de/fhir/ValueSet/answerSetCVDP"
        }
      },
      {
        "id": "Observation.value[x]:valueCodeableConcept.coding:codeableConceptSNOMED.system",
        "path": "Observation.value[x].coding.system",
        "patternUri": "http://snomed.info/sct"
      },
      {
        "id": "Observation.value[x]:valueString",
        "path": "Observation.value[x]",
        "sliceName": "valueString",
        "max": "0"
      },
      {
        "id": "Observation.specimen",
        "path": "Observation.specimen",
        "type": [
          {
            "code": "Reference",
            "targetProfile": [
              "https://demis.rki.de/fhir/StructureDefinition/SpecimenCVDP"
            ]
          }
        ]
      }
    ]
  }
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